Desde 2001 hay una opción terapéutica específica disponible para la enfermedad (terapia de reemplazo enzimático con alfa-galactosidasa A recombinante diseñada in vitro) y los metaanálisis de su eficacia a largo plazo sugieren resultados prometedores.
La mejora de la actividad enzimática con una chaperona farmacológica se ha aprobado en pacientes con variantes de GLA susceptibles en base al resultado de ensayos clínicos recientes.
La terapia de reemplazo con enzimas derivadas de plantas, la terapia de reducción de sustrato (TRS) y la terapia génica basada en vectores virales adenoasociados están actualmente bajo investigación en ensayos clínicos.
El manejo convencional consiste en paliar el dolor con analgésicos, nefroprotección (inhibidores de la enzima convertidora de angiotensina o bloqueadores de los receptores de angiotensina), antiarrítmicos, marcapasos o desfibrilador automático implantable, diálisis y trasplante renal.